继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：帕迪·康斯戴恩 马特·史密斯 米莉·阿尔柯克 艾玛·达西 瑞斯·伊凡斯 艾米丽·凯里 奥利维亚·库克 史蒂夫·图森特 伊芙·贝斯特 水野索诺娅 瑞安·柯尔 汤姆·格林-卡尼 泰·田纳特 法比安·弗兰克尔 格拉汉姆·麦克泰维什 珊·布鲁克 杰佛逊·豪尔 大卫·霍罗维奇 马修·尼达姆 比尔·帕特森 加文·斯派克 斯特凡·罗德里 艾略特·提特恩索 加里·库珀 朱利安·刘易斯·琼斯 大卫·豪恩斯洛 弗兰基·威尔森 米哈伊尔·森 瑞斯·派瑞·琼斯 卢克·蒂滕索尔 加里·雷蒙德 安德鲁·比克内尔 戴维·坎恩 米尔亚姆
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演员：Simona Distefano Stefano Fregni 芭芭拉·奇基亚雷 Andrea Dodero 弗朗西斯科·科勒拉 Andrea Riso 米卡埃拉·拉马佐蒂 盖娅·吉拉切 瓦伦蒂娜·贝莱
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演员：乔纳森·哈登 珊·布鲁克 凯瑟琳·德夫林 乔纳森·布兰尼夫 马丁·麦凯恩 戴恩·怀特·奥哈拉 汉娜·麦克莱恩 安迪·奥修 杰拉德·乔丹 约翰·林奇 瓦伦·凯恩 理查德·多默 乔安妮·克劳福德 迈克尔·谢伊 纳比勒·埃卢比 马特·卡弗 斯蒂芬·博姆 艾萨克·赫斯利普 彼得·坎皮恩 德斯蒙德·伊斯特伍德 安德烈·厄文 帕蒂·杰金斯 弗朗基·麦卡弗蒂 查理·马赫 派克·李 德克兰·朗 布赖恩·米利根 海伦娜·布林 露易斯·帕克 杰拉德·麦凯布 蒂姆·洛恩
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